Вы цитируете Административный регламент исполнения Федеральной службой по ветеринарному и фитосанитарному надзору государственной функции по выдаче разрешений на ввоз в РФ и вывоз из РФ. т.е. организационный документ Россельхознадзора по выдаче этих разрешений (в тех случаях, когда они нужны). Фактически это технический документ дополняющий "Единые правила проведения государственного ветеринарного надзора при международных и межгосударственных перевозках животноводческих грузов" принятые межправительственным советом по сотрудничеству и основанные на соответствующем соглашении по СНГ. Данные документы, созданные в свое время под международные (т.е. за внешние границы Содружества) перевозки стран СНГ стали теперь основными правилами экспорта, импорта и международного транзита. На Единые правила и Соглашение Россельхознадзор теперь ссылается во всех случаях запросов, когда уточняются правила этих перевозок. Здесь не откажешь в логике, хотя на мой взглаяд и родной внутренний № 250 документ тоже был хорош. Что касается разрешений вообще. то данный пункт Регламента не противоречит как основному документу - Единым правилам, так и внутренней инструкции по оформлению ветеринарных документов, которая предусматривает порядок их оформления ветеринарными органами России в последовательности - ветсвидетельство органа ветеринарии субъекта Федерации -  ветеринарный сертификат форм 5 (с любым буквенным индексом). И следовательно любое перемещение за пределы субъекта Федерации должно быть оформлено с разрешения гл.госветинспектора (Руководителя органов управления ветеринарией) субъекта Федерации. Причем не зависимо от того, требуется наличие разрешения Россельхознадзора из Москвы или нет, требуется оформление международного сертификата или нет, вывозите Вы своего зверя в дальнее зарубежье, в СНГ или соседнюю область. Разумеется при запросе в Россельхознадзор за разрешением подразумевается, что такое разрешение у гл.госветинспектора области получено, ибо они этот запрос формально сами и делают. В тех случаях, когда разрешения Россельхознадзора не требуется, достаточно разрешения Госветинспектора субъекта, которое и вписывается в ветеринарное свидетельство любой формы, заверяется для экспорта-импорта и перевозок в страны СНГ печатью в правом верхнем углу ветдокумента и затем указывается в ветеринарном сертификате. При наличии Разрешения Россельхознадзора указывают только его. При перевозках в страны СНГ (что формально экспортом не является) достаточно ветсвидетельства с такой дополнительной печатью и номером разрешения гл Госветинспектора области. При ввозе из стран дальнего зарубежья в сертификате Россельхознадзора форм 6 (1,2,3) указывается разрешение гл. Госинспектора на ввоз или если есть разрешение Россельхознадзора. Это же разрешение фигурирует в ветсвидетельстве районной или городской службы выданной на данный груз (живность) если она следует в дальнейшем по России наряду с новым разрешением госинспектора на вывоз из своего субъекта.
А вообще Регламент который я привел, являясь именно организационно-техническим официальным документом, полезен будет тем, кто непосредственно сталкивается с проблемами экспорта, импорта или транзита. Если раньше приходилось долго ждать ответа из Москвы, или получать ответ типа вы не ту бумагу не так и не туда подали, то теперь все расписано подробно, можно опираясь на этот документ требовать получения ответа в установленные сроки, также понятно, что необходимо подавать для рассмотренния, требуют ли с вас лишних бумажек.