А что в этом договоре понимается под термином «контроль»?
Т.е. у Вас был договор с государственным учреждением об осуществлении контрольно-надзорной деятельности за вами за ваши-же деньги? А договор с ГИБДД вы случаем не составляете, ну чтобы за ваши же деньги вас чаще останавливали, проверяли и штрафовали за нарушения?
Или все же специалисты СББЖ осуществляли ветеринарно-санитарную экспертизу вашей продукции (меда) по результатам которой у вас появлялась возможность реализации этой продукции животноводства. Тогда эта услуга, оказываемая вашей агрофирме со стороны государственного учреждения вполне полезна и договор имеет смысл и окупает затраты на него. Я не знаю, какие обязанности в вашей агрофирме осуществляет штатный ветврач, но думаю, если обещанное Москвой лицензирование специалистов все-таки наступит, вопросов по договорам станет меньше. Если ваш ветврач будет иметь лицензию на ветсанэкспертизу продукции, то его результаты будут приниматься наравне с результатами ветсанэксперта например лаборатории рынка (у них обоих будут одинаковые сертификаты) и никаких договоров на получение этой услуги вам не понадобится, ну а если он только специалист по зверям и об экспертизе краем уха в институте слышал, то извините - или готовьте своего эксперта, или (если не выгодно, поскольку продукция сезонная) заключайте договор с организацией, имеющей в штате экспертов или со специалистом-индивидуалом с лицензией. Правда, пока такого порядка нет, и соответственно государство больше доверяет своим (государственным) специалистам. Особенно в части безопасности продукции. Завтра ваша агрофирма в дополнение к пасеке и овощеводству (или чего вы там опыляете) построит убойный пункт. И снова вы будете возмущаться – чего это нам договор навязывают? У нас же есть свой ветврач, он по зверям будь-здоров, поставим его на линию, будет экспертизу делать и на тушах вместо клейм зеленкой крестики рисовать – мол, подвергнуто ветеринарно-санитарной экспертизе в полном объеме.  Я думаю, именно этим (наличием реализуемой животноводческой продукции) и объясняется потребность в договоре.
Впрочем разговор идет об агрофирме. Возможно не мелкой, с развитым растениеводством. Как юридическое лицо агрофирма наверняка заключает массу договоров с учреждениями и предприятиями разной формы собственности. И наверняка к тексту этих договоров спецы агрофирмы относятся серьезно, поскольку это влияет на эффективность производства, себестоимость продукции, получение прибыли, наконец. И только с СББЖ почему-то

.
Ну и кто мешает агрофирме составить с ветеринарным госучреждением юридически грамотный текст договора, обеспечивающий решение взаимных интересов. Чтобы не гадать, чего там будет в договоре. Небось, договора на реализацию продукции, договора на поставку сельхозтехники или топлива, договора с банками и кредиторами составляются агрофирмой более разумно и не бывают «не о чем»?

Думаю для агрофирмы, именно как юридического лица желательно иметь договор с ветеринарной службой того района, в котором эта агрофирма ведет свою хозяйственную деятельность, если для этой хозяйственной деятельности, так или иначе, требуются животные – лошади, собаки, пчелы. При любой проверке сторонних надзирателей такой договор не помешает. Но, наверное, можно и без него. Попробуйте ликвидировать пасеку, не реализуйте мед как сельхозпродукцию, перейдите на опыление голландскими односезонными шмелями и вам, скорее всего никакого договора и не понадобится (если не будете завозить их напрямую из-за бугра). А так, наверное, еще и паспорт пасеки требуют, и ежегодные обработки, и отчетность, и регулярное обследование.
Замените собак на охранное предприятие. Договор на охрану, возможно, устроит вас больше. Наличие собак в охранном предприятии это уже проблема не ваша а владельца собак т.е. ЧОПа.
И, наконец, перестаньте эксплуатировать бедных лошадок. Чего вы там на них возите? Продукцию, удобрения, телеги с ульями? Замените машинной техникой. В овощеводстве всегда в почете были самоходные шасси Т-16. И для продукции - с самосвальным кузовком, и с навеской для обработки растений, и с прицепом типа ПТП-32 для перевозки ульев. Современные аналоги этого оборудования просто вызывают зависть. Не будет лошадок, не надо ставить их на учёт, к ним ездить прививать и брать кровь. И, разумеется, заключать договор с СББЖ.
Обсудите с руководством агрофирмы, возможно выводы конторских экономистов станут решающими в этой проблеме.
Ну и конечно, разрешение на вывоз - это особый разговор. Нужно оно или не нужно.
Если ехать никуда не планируете, зачем же оно нужно. Вы его для меда собрались брать (на полгода для вывоза в регионы России) или на зверей? Тогда разрешение дается на конкретную поездку конкретных зверей в конкретном направлении. Именно это разрешение и вписывается в ветствидетельство формы №1. (Особые отметки). Для следующей поездки нужно другое разрешение - новое, даже если это тот же зверь и он отправился по старому маршруту. С наличием договора с СББЖ напрямую не связано, поскольку разрешение это при вывозе зверя за пределы области (края) выдается гл.госветинспектором субъекта, а он на станции не работает. А с учетом норм современного законодательства и денег за эту функцию брать не должен.

Вы бы для начала открылы гражданский кодекс РФ в части касающейся договорных отношний в целом и договора оказания услуг ( а он таким и является) в частности. Предмет договора по оказанию услуг ( т.е. то конкретное дейсвие которое д.б. осуществлено) явялется его существенной частью и без его определения это просто бумага.

весьма любопытна по какой статье КоАП РФ.

Вот она ключевая фраза. В настоящее время намечается переход на самоокупаемость службы и каждый пытается заработать в меру своих возможностей. Пользуйтесь моментом и диктуйте свои условия.