Документы лучше готовить вместе с представителем районной ветслужбы, которая также должна участвовать во всех противоэпизоотических мероприятиях хотябы в качестве контролера или подписанта под актами. Снятие ограничений такой же формальный законодательный акт, как и наложение, т.е. они снимаются также специальным документом органа исполнительной власти, наложившем его. Причем это происходит не автоматически по истечении срока, не по желанию хозяев объекта, на который наложены ограничения, а по представлению соответствующего государственного инспектора в этот самый орган власти. Для полноты картины проведенных мероприятий лучше воспользоваться планом этих мероприятий, который должен бы быть принят после введения ограничений соответствующими государственными и ветеринарными органами. Там и должно быть прописано - что сколько раз проводить, кого исследовать, кого вакцинировать, какие другие общие мероприятия проводить. Соответственно на каждое проведенное действо лучше иметь заверенную ветслужбой бумагу. Также следует поступать с выданными в процессе оздоровительных мероприятий предписаниями - т.е. каждое выполнять, документируя это как можно более официально. В отдельных случаях, если ограничения или карантин вводится по представлению Россельхознадзора, его снятие проводится по результатам совместной комиссии с субъектом, составляется соответствующий Акт обследования хозяйства и к нему прикладываются все нужные бумаги. Если все мероприятий на Ваш взгляд проведены, сроки, указанные в инструкции по данной болячки вышли, а ограничения не снимаются, то лучше официально обратится в орган наложивший эти ограничения за разъяснением причины. Они вам и должны ответить также по существу - типа не сделано это и это.
В общем ответ получился не столько про сальмонеллезы, сколько про снятие ограничений в общем, поскольку хочется чтобы к этому вопросу подходили по одному принципу, а что там было - паратиф, ИНАН или пдседал - это конкретика и работа с соответствующей инструкцией по болезни.

капля не так упала а вообще это часто происходит.