Судя по описанию, у Вашего жеребенка септический полиартрит (возможен септический остеомиелит) на фоне сепсиса новорожденных. Для подтверждения диагноза следует сделать УЗИ и/или пункцию пораженных суставов, посев культуры крови и/или синовиальной жидкости, также имеет смысл сделать цитологию и оценку уровня фибриногена синовиальной жидкости, оценку уровня иммуноглобулинов крови. Лечение заключается в системном применении антибиотиков, плазмы, НПВС (параллельно назначают противоязвенные препараты) промывании пораженных суставов с введением в них антибиотиков.
Какие антибиотики Вы применяли и какой применяете сейчас? При ранней и грамотной терапии (с первого дня) прогноз обычно благоприятный, но при запоздалом лечении от осторожного до неблагоприятного (при рентгенографическом подтверждении изменений костных тканей и/или интенсивном развитии бактериемии).
При контрактурах сгибателей мы применяем повязку Роберта Джонса и системно окситетрациклин. Если в деннике большая подстилка, частично уберите ее (жеребенок должен ходить по жесткому, но при этом лежать ему лучше на мягком).

В таких случаях более эффективны цефалоспорины 1 поколения (цефазолин) или же амикацин + ампициллин; цефтриаксон - 3 поколение - хуже. АБ необходим очень длительным курсом. Лежит жеребенок, скорее всего из-за снижения уровня глюкозы, при сепсисе он значительно понижается. Контролируйте уровень глюкозы.

Про цефазолин: возможно, проблема была в дозировке или кратности применения.
Про ножки: если не затруднит, пришлите фотографию, т.к. из Ваших сообщений сложно понять что Вы имеете ввиду - контрактуру или слабость сгибателей - при этих патологиях терапия совершенно разная.