Возможно просто реакция на пыль. Конюшня другая, микроклимат другой. В Эквимедике дорого, конечно, но там много оборудования и хорошие специалисты. Главное, чтобы лишнего не поназначали ))) Ринит проявляется отеком слизистой носа и часто выделениями. Некоторые виды аритмий сердца вполне могут быть и у здоровой лошади.

Многие жалуются на кашель после вакцинации ринопневмонии. Мои тоже в этот раз начали покашливать именно после вакцинации. Но тут совпало с периодом пыльного сена и с большим временем нахождения в конюшне. А кашель точно такой, как вы говорите, на первой рыси, потом проходит, или когда лошадь валяется. Мне всё таки кажется это аллергический, просто вакцинация может быть усиливает аллергическую реакцию.

Если вопросы по сердцу, делайте ЭКГ, это документальное подтверждение состояния сердца, а не субъективное мнение отдельных врачей или "врачей". Кашель такого рода вряд ли связан с сердцем. Возможно проблема в лёгких, тк у пробежных лошадей лёгкие полностью включены в работу по максимуму, а при снижении нагрузки нижние отделы лёгких в работу не включаются, тк  "мощности" и так хватает. в таких отделах происходят застойные явления, которые и дают о себе знать в начале работы, когда происходит раскрытие этих частей лёгких. Если проблема в этом, тогда увеличте нагрузки за счёт  медленной рыси, а затем более медленно снижайте их до нужного вам уровня.
Также проблема может быть связана с патологиями гортани, трахеи или бронхов, в этом случае нужна эндоскопия.
Гельминтов и аллергию в расчёт не беру. Вы её наверняка глистогонили, а аллергию можно исключить дачей противоаллергических препаратов, если после их применения кашель прошел, значит аллергия.
Бронхит, пневмонию, фарингит, ларингит и др. процессы воспалительного характера можно исключить курсом антибиотиков(напр. бициллин 5 - 3 флакона + стрептомицина 3 флакона - в 1 шприц на физ.р-ре, повторить через неделю, Усилить их действие можно гентамицином 40мг по 10 мл на след день после бицилина-однократно) Смесь гремучая, но помогает, если ваша лошадка переносит без последствий медикаменты и вакцины, тогда бояться возможной аллергии на антибиотики не следует.
Может она просто подстыла, а сама выбраться из болезни не может. Возможно холодное поение, а она  к нему более восприимчива, чем остальные. После работы держите её под попоной 2-3 часа. Короче уделите ей чуть больше внимания, если она стоит у входа в конюшню попробуйте переставить в конец или наоборот, поите из ведра водой чуть теплее, чем всех остальных, попона после работы и тд.

А вы делали бронхоскопию? Есть анализ крови на аллерген

Да не может бронх-я в Москве так дорого стоить, на другом форуме девушка  писали ,что тыс 3-4 стоит
Скажу вам  так, ничего точнее бронхоскопии не скажет вам почему кашель, про анализы это можно сделать и самой, взять кровь и сдать ее в Гос. Вет Станцию (это ради экономии)

Дело конечно Ваше, но есть ли смысл терять время и деньги на догатки? Если хотите знать точно что это и как с этим бороться , то делайте
Это лишь по собственному опыту говорю, потому как даже когда знаешь диагноз сложно подобрать лечение , то кот поможет именно вашему коню, а уж если в небо пальцем тыкать то вообще почти нереально

Ботанический состав сена проверте. У нашего аллергика люцерна вызывает точно такой-же кашель.

Мое субъективное мнение: любые гормональные препараты для лечения аллергии  у молодой спортивной лошади - это совсем не вариант.  Для поддержания, в случае тяжелых проблем, как последнее средство,  возможно.
По моему опыту, антигистаминные препараты не блокируют проявления аллергии, а чуть смягчают. И то, дело очень индивидуальное.
Очень соблазнительно бы иметь такой не гормональный препарат: уколол 2-3 раза и кашель + высыпания исчезли.  Если есть практический опыт такого рода, поделитесь, пожалуйста.
Мне известен только один метод борьбы с этой напастью, убрать лошадь из под воздействия аллергена (возможно переставиться) + очистка организма и поддержание печени, как основного органа борющегося с токсинами. Так и советуют ветеринары. И дело это не быстрое.
Это я к тому, что быстренько дифференцировать кашель применением антигистаминных препаратов, мне не представляется возможным.

А какие специальные анализы крови , раст крови на аллергены, как у людей?  У людей это не очень показательно. Было бы интересно узнать на будущее.

Аллергия (если эта аллергия)у лошади  как раз на пыль ,на 99 % уверена,поэтому луше содержать в летнике и проливать сено или давать сенаж